27小时“侦破”跨境变异毒株“Alpha” 市疾控中心新冠溯源团队揭秘“5·21”疫情基因溯源过程

深圳特区报讯（记者罗莉琼 戴晓蓉）对新冠肺炎患者的样本进行溯源分析，通过基因序列测定的方式对病毒进行分型，这对追踪新冠病毒的传播链起到关键作用。记者昨日从市疾控中心获悉，在“5·21”疫情中，市疾控中心病原所新冠溯源团队仅用27小时即成功测定首名无症状感染者病毒全基因组序列，“作案者”为在英国出现的新冠病毒变异毒株“Alpha”。

核酸检测出新冠病毒阳性样本后，专家如何用火眼金睛揪出病毒的型别？据了解，为了应对一些未知病源的快速检测、分型和溯源，市疾控中心建立了二代、三代测序平台，该项技术在传染病的病原学诊断，发现高变异、罕见以及新病原体方面具有极大优势，尤其在本次新冠疫情溯源中发挥着重要的作用。

“对一些未知且需要进行精准的基因序列分析的病源，我们就要采用二代测序。三代测序则更快速，但只能初步测出病毒的型别。5月21日下午，我们团队接到紧急任务，对盐田区一例境外输入关联新冠无症状感染者穆某的样本进行溯源分析。”市疾控中心病原生物研究所副所长何雅青接受记者采访时表示，穆某的 CT值比较低，说明他的病毒载量相对比较高，我们马上启动了二代和三代测序。为了能更快跑赢“新冠病毒”，何雅青和同事们不分白天黑夜，基本上不休息，关键时刻都顾不上去洗手间，争分夺秒进行基因组溯源。

在此次溯源中，从样本准备、文库构建，上机测序、序列拼接、基因比对到撰写溯源分析报告，市疾控中心新冠病毒溯源团队仅用了27小时，大大短于国家标准的76小时。

何雅青告诉记者，通过二代测序技术，他们第一时间确定穆某的新冠病毒型别为在英国出现的新冠病毒变异毒株“Alpha”。此前，该毒株名字为B.1.1.7，世卫组织宣布使用希腊字母命名新冠病毒变异株，B.1.1.7变异株被命名为“Alpha”。快速侦破跨境变异毒株真面目，这对科学研判深圳的新冠疫情，采取精准防控措施，锁定重点人群和重点场所起到很关键的作用。

截至5月29日14时，市疾控中心病原所新冠溯源团队已成功获得“5.21”疫情中11例无症状感染者病毒全基因组序列，序列覆盖度在98.9%-99.9%之间。经分析，该11例无症状感染者的新冠病毒高度同源，推断穆某等11人属于同一感染来源或同一传播链。结合流行病学调查数据，基本判定本起疫情为境外输入关联疫情，排除与辽宁、安徽、广州等国内其他地区近期局部疫情的关联性。

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